Международная группа исследователей обнаружила десятки тысяч новых видов бактерий и архей, которые нельзя культивировать в лабораторных условиях. Микроорганизмы обнаружены с помощью метагеномики, когда анализируется генетический материал, выделенный из окружающей среды. Об этом сообщается в статье, опубликованной в журнале Nature Biotechnology.
Ученые реконструировали тысячи геномов из метагенома — совокупности генов всех организмов в образце окружающей среды. Для этого они секвенировали выделенный и клонированный генетический материал, то есть установили нуклеотидную последовательность в цепочке ДНК. Это позволило определить сами гены и некодирующие области. Отдельные фрагменты генома по кусочкам собираются в единый геном благодаря тому, что нуклеотидные последовательности одних сегментов цепочки ДНК перекрываются с сегментами других частей. Совокупность всех перекрывающихся сегментов называется контигом.
Чтобы получить геномы исследователи также прибегли к методу биннинга (англ. binning), когда для реконструированного гена с помощью специальных алгоритмов, разработанных биоинформатиками, ищется похожий ген (гомолог), принадлежащий уже известному живому существу. Исследователям удалось выявить 52 515 геномов, многие из которых были реконструированы более чем на 50 процентов. При этом 12 556 геномов никогда раньше не секвенировались.
Образцы генетического материала были выделены из таких природных сред Земли, как океан, организм животных и почвы. Результаты исследования расширяют известное филогенетическое разнообразие бактерий и архей на 44 процента.
