Стоит ли беспокоиться о XE, новом гибриде COVID? Вот научные данные

Новый гибридный вариант COVID-19, получивший название XE, недавно вызвал новые опасения.

XE представляет собой сочетание высокотрансмиссивных вариантов BA.1 и BA.2 Omicron и был впервые обнаружен в Великобритании в середине января. Его белок-шип происходит от BA.2, что потенциально является хорошей новостью для Новой Зеландии, поскольку этот вариант является доминирующим (более 90 процентов недавних инфекций), и люди, которые были инфицированы, должны иметь определенную защиту от XE.

На сегодняшний день в мире около 700 вирусных геномов получили статус XE. Этот вариант был обнаружен в основном в Великобритании, а теперь в нескольких случаях в других странах, включая Таиланд и США, что, скорее всего, связано с распространением вируса в результате путешествий.

Согласно текущим оценкам из Великобритании, XE имеет небольшое (5-10 процентов) преимущество в передаче по сравнению с BA.2, что делает его самым трансмиссивным субвариантом Omicron, выявленным на сегодняшний день. Каждый раз, когда появляется новый более трансмиссивный вариант, он имеет шанс со временем стать доминирующим.

XE еще не получил своей собственной греческой буквы. На данный момент он относится к Омикрон, пока не будут выявлены существенные различия в передаче вируса и характеристиках заболевания, включая тяжесть.

Пока нет достаточных данных, чтобы сделать твердые выводы о передаваемости XE, и почти нет данных о тяжести заболевания или способности уклоняться от иммунитета.

Как возникают гибридные варианты

Обычно каждый отдельный вирус является почти точной копией своего единственного родительского вируса. Но вирусы также подвергаются процессу, называемому рекомбинацией, - они могут иметь двух родителей.

Рекомбинантные вирусы могут возникать, когда два или более вариантов заражают одну и ту же клетку человека, что позволяет вариантам взаимодействовать во время репликации. Это может привести к смешению их генетического материала, образуя новые комбинации вирусов.

Некоторые вирусы, например, гриппа, имеют сегментированные геномы и могут смешивать целые сегменты в процессе, называемом реассортацией. Вирусная рекомбинация и реассортация являются обычным явлением среди вирусов, но их скорость значительно варьируется в зависимости от типа вируса и вероятности коинфекции.

Более чем через два года после начала пандемии и при высоком уровне инфекции во всем мире рекомбинация вируса SARS-CoV-2 более вероятна и легче обнаруживается, чем на более ранних стадиях. Глобальная волна Омикрон привела к быстрому росту распространенности COVID, что увеличивает вероятность коинфекции и дает вирусу больше шансов на рекомбинацию.

Мы также имеем больше возможностей для обнаружения рекомбинации, чем раньше. В начале пандемии в вирусе SARS-CoV-2 было мало генетического разнообразия, и рекомбинанты были похожи на нерекомбинантов, поскольку два родительских вируса были почти идентичны.

Но теперь существует несколько геномно отличных вариантов, заражающих людей в одной и той же местности, что делает рекомбинантные геномы гораздо более легкими для обнаружения среди миллионов геномов, созданных на сегодняшний день. Вирусная рекомбинация, вероятно, будет играть важную роль в продолжающейся эволюции SARS-CoV-2.

Известные вирусные рекомбинанты

Недавно было выявлено несколько рекомбинантных вариантов SARS-CoV-2, названных XA, XB, XC и т.д., вплоть до XS. Некоторые из этих вариантов были секвенированы еще в середине 2020 года. Некоторые из них встречались всего несколько раз, в то время как другим присвоено несколько сотен геномов.

В настоящее время часто обнаруживаются два основных типа рекомбинантов: смеси Delta и Omicron (получившие название Deltacron) и смеси субвариантов Omicron.

За некоторыми из этих рекомбинантов ведется пристальное наблюдение. К ним относятся XD и XF, которые состоят из генетического материала Delta и субварианта BA.1 Omicron.

XD был впервые обнаружен во Франции и содержит смесь белка-шипа из BA.1 и остальной части генома из Delta. Существовало определенное опасение, что он унаследует способность BA.1 обходить нашу иммунную защиту и высокую вирулентность Delta. На сегодняшний день XD, похоже, не распространяется широко или быстро.

Стоит ли нам беспокоиться?

Пока нет доказательств того, что рекомбинантные вирусы представляют большую угрозу для здоровья населения, чем любые другие варианты. Но за рекомбинантами следует внимательно следить, чтобы понять, вызывают ли они изменения в передаваемости вируса, тяжести заболевания или способности избегать иммунной защиты, вызванной вакциной.

На данный момент нет необходимости чрезмерно беспокоиться по поводу XE. Но нам необходимо продолжать наблюдение за SARS-CoV-2 в глобальном масштабе, чтобы выявить новые варианты и понять, какой риск они могут представлять.

Наш лучший подход к ограничению скорости появления новых рекомбинантов или других вариантов - это ограничение распространения вируса. Несмотря на широко распространенное в мире признание того, что SARS-CoV-2 будет с нами в обозримом будущем, мы все еще можем использовать защитные меры для замедления и подавления вируса.

К ним относятся регулярное тестирование, изоляция в случае заражения, ношение качественных масок и улучшенная вентиляция. Все эти меры снижают шансы получить коинфекцию и стать носителем нового рекомбинанта. Беседа

Джемма Геогеган, старший преподаватель и младший научный сотрудник ESR, Университет Отаго; Дэвид Уэлч, старший преподаватель, Оклендский университет, и Джоп де Лигт, научный руководитель отдела геномики и биоинформатики, ESR.