Штамм "омикрон" — очень странный. Откуда он взялся?

На прошлой неделе исследователи из Африки сообщили о новой подозрительной разновидности коронавируса. Всемирная организация здравоохранения (ВОЗ) почти сразу же внесла ее в список вариантов, вызывающих опасения, и назвала буквой греческого алфавита "омикрон". С тех пор этот вариант обнаружили в десятках стран на всех континентах, кроме Антарктиды.

Об "омикроне" известно, что он несет 50 мутаций, большая часть которых — в шиповидном белке вируса. Шиповидный белок, придающий вирусной частице форму короны, нужен для проникновения в клетки человека, и именно в этом месте связывается большинство нейтрализующих антител. Потому-то "омикрон" и вызывает опасения.  

Однако пока неизвестно, изменили ли мутации свойства коронавируса. Есть основания полагать, что SARS-CoV-2 мог стать как более, так и менее опасным.

Важнее всего четыре вопроса:

• легче ли "омикрон" передается от человека к человеку;
• чаще ли вызывает осложнения и смерть;
• способен ли преодолеть защиту иммунной системы, выработанную после болезни или вакцинации, и в какой мере;
• вытеснит ли он преобладающую повсюду "дельту".

На данный момент обо всем этом можно только выдвигать более или менее обоснованные предположения. Большинство количественных оценок (на сколько процентов, во сколько раз) получены не из данных опытов или наблюдений, а подсказаны интуицией экспертов, которые ими делятся.

Возможно, на следующей неделе появятся результаты лабораторных экспериментов, но их нужно будет интерпретировать с осторожностью: жизнь не лаборатория. На некоторые вопросы удастся ответить только спустя месяцы. Например, чтобы рассчитать летальность "омикрона", нужно накопить данные по умершим.

Что прояснилось за неделю

Эпидемиологические данные из ЮАР показывают, что у "омикрона", вероятно, есть преимущества перед "дельтой", и этот вариант очень заразен. Axios сообщает, что накануне в стране выявили 11,5 тыс. случаев COVID-19, а положительными оказались 22,4% тестов. Всего десять дней назад в ЮАР было 300 новых случаев, а положительный результат дали лишь 2% тестов.

Financial Times пишет, что ученые из южноафриканского Национального института инфекционных болезней провели ретроспективный анализ эпидемиологических данных с марта 2020 года по 27 ноября 2021 года и высчитали, что за последние четыре недели — в это время стал распространяться новый вариант — риск повторного заражения существенно вырос. Вероятно, иногда "омикрон" способен преодолеть защиту, выработанную после болезни.

Также появилась информация от фармацевтических компаний — разработчиков и производителей моноклональных антител против COVID-19 (1, 2). В отличие от антител, вырабатываемых организмом, моноклональные идентичны друг другу. Из них тщательно выбирают наиболее действенные, а потом промышленно получают в выращенных клетках. Часто в препарате используется не одно антитело, а два или больше ("коктейль").

Во вторник Regeneron сообщила, что ее "коктейль", вероятно, менее эффективен против нового варианта. Из цитаты, приведенной Financial Times, можно заключить, что вывод сделан только по наличию у вируса отдельных мутаций, но дальше в заметке говорится о проведенных лабораторных тестах и компьютерном моделировании. Как бы то ни было, в Regeneron пока не уверены, что дело обстоит именно так, но говорят, что у них есть другие, потенциально более действенные антитела.

Как сообщает Financial Times, вчера компании GlaxoSmithKline и Vir Biotechnology объявили, что их препарат на основе моноклональных антител, наоборот, остается эффективным и против "омикрона". Эти результаты получены в лабораторных экспериментах, где нейтрализацию проверяли на псевдовирусах, которым добавили шиповидный белок с некоторыми мутациями "омикрона". Но чтобы говорить с уверенностью, нужны дополнительные исследования.

Откуда взялся "омикрон"

Еще недавно ученые думали, что если и появится новый подозрительный вариант SARS-CoV-2, то он будет потомком "дельты", ведь кроме "дельты" почти ничего не осталось. Однако "омикрон" настолько отличается от остальных вариантов, что даже трудно установить его ближайшего предка. Из-за этого возникло предположение, что "омикрон" месяцами мутировал в организме с подавленной иммунной системой, например у человека с запущенной ВИЧ-инфекцией. Теперь же ученые рассматривают еще две гипотезы, и одна из них особенно тревожная. О них рассказывают STAT и Science.

На "фамильном древе" коронавируса "ветвь" нового варианта чрезвычайно длинная. "Омикрон" мог отделиться еще в середине 2020 года или даже раньше, но обнаружен только сейчас. Это крайне необычно. SARS-CoV-2 накапливает изменения в генетическом коде постепенно, поэтому видны промежуточные варианты. А "омикрон" выглядит так, словно почти сразу приобрел все мутации.

Что-то похожее было год назад с "альфой". Тогда ученые предположили, что вирус эволюционировал у человека с подавленной иммунной системой. Обычно организм справляется с инфекцией за несколько дней, но если ему не хватает сил, то вирус может циркулировать месяцами. Иммунная система все же давит на SARS-CoV-2, поэтому ему приходится приспосабливаться — так возникающие мутации закрепляются.

Косвенно эту гипотезу подтверждают наблюдения за пациентами с хроническим COVID-19 (не путать с "затяжным" COVID-19, или постковидным синдромом, развивающимся уже после излечения; впрочем, не исключено, что и этот синдром как минимум в некоторых случаях обусловлен скрывающимся в тканях вирусом). SARS-CoV-2 в их организмах действительно накапливает мутации вариантов, вызывающих опасения.

Интересно, что "альфу" обнаружили в Великобритании, и тогда речь шла о пациенте с раком. "Омикрон" впервые выявили в Африке, но упоминается не рак, а ВИЧ-инфекция. Конечно, в развитых странах, в отличие от африканских, большинство людей с ВИЧ принимает антиретровирусные препараты, поэтому их иммунная система работает как надо, а значит, хронический COVID-19 маловероятен. Тем не менее в Африке тоже болеют раком и получают терапию, подавляющую иммунную систему, но такой сценарий не рассматривается. Наука не свободна от предрассудков.

Однако гипотеза не согласуется с наблюдениями за другими хроническими вирусными инфекциями у людей с подавленной иммунной системой. Обычно возникающие варианты в самом деле "учатся" ускользать, но при этом хуже передаются от человека к человеку. Правда, не исключено, что у коронавируса одни и те же мутации помогают распространяться и внутри, и между организмами.

Согласно другому предположению, "омикрон" зародился на юге Африки в местах, где редко тестируют людей и еще реже расшифровывают вирусные геномы. Критики этой гипотезы указывают, что настолько глухое место трудно вообразить. "Омикрон" или его предок все равно проникли бы еще куда-то и были бы замечены.  

Наконец, третья гипотеза гласит, что человек заразил животных, "омикрон" эволюционировал в них, а потом перекинулся на людей. В пользу этой догадки говорит недавнее исследование, которое показало, что еще год назад 80% протестированных белохвостых оленей в американском штате Айова были заражены SARS-CoV-2.

В Африке промежуточным хозяином мог быть грызун. Сначала коронавирус не мог заражать этих животных, но со временем "научился". Известны семь мутаций, как-то связанных с адаптацией к грызунам, — и все они присутствуют в "омикроне". Этого мало, чтобы признать гипотезу верной, но можно провести эксперименты с дикими животными и посмотреть, бывает ли у них хроническая инфекция и как при этом меняется SARS-CoV-2.

Возник "омикрон" в животном или нет, но коронавирус точно заражает много разных видов, поэтому в будущем в них могут возникнуть другие варианты.